В марте 1854 года генерал Филипсон (русский генерал, отличившийся во время Кавказской войны; Наказной атаман черноморских казаков) предложил укоротить пристань в лимане наполовину, а из оставшихся материалов установить 30-ти саженную пристань в заливе.
Кроме того Филипсон предложил весной 1855 года исследовать Ейскую косу на предмет установки постоянной морской пристани.
В дальнейшем, начальник портового города Ейска полковник Сальстет встретился с инженером Новосельским. Этот инженер пообещал прислать в Ейск опытных офицеров, которые по прибытию в город немедленно приступят к выбору удобного места и составлению полного проекта устройства морской пристани в Ейском порту.
Рос и грузовой оборот. Если в 1855 году он составил 60 тысяч рублей, то в 1858 году грузооборот увеличился до 528 тысяч рублей. Этому способствовало окончание Крымской войны.
В 1860-1880 годах Ейский порт действовал вполне успешно. Временное отделение для гражданского устройства края Наместника Кавказского уже в декабре 1862 года сообщало начальнику Главного штаба Кавказской армии: «… В русские порты и внутрь Черномории и Ставропольской губернии Ейский рынок отсылает теперь товаров почти на полмиллиона… Судьба края тесно связана с будущим Ейска». В среднем ежегодно во второй половине 1870-х годов через порт на экспорт отправлялось товаров на 2,6 млн. руб.
В своем «Докладе по вопросу о постройке в Ейского порта и Ейской железнодорожной ветви» Городской голова Ейска Василий Ненашев писал:
Городская Дума в 1871 году ходатайствовала перед Областным Правлением о разрешении построить как со стороны моря, так и со стороны лимана постоянные пристани, с необходимыми ледорезами. Тогда Областное Правление поручило Думе собрать статистические и экономические данные, необходимые для разрешения возбужденного вопроса. Но, вместо этих данных, Дума представила в Областное Правление поданные ей турецким поданным Саввою Паланаки и Почетным Гражданином Константином Кушнаревым проекты устройства постоянной пристани со стороны лимана, с углублением дна лимана до 10 футовой глубины, находя эту пристань более удобной, в виду защиты ее Ейской косой.
По представлению этих проектов в Областное Правление, оно потребовало от городского управления дополнительных сведений и дело в переписке осталось без движения до 1875 года. 30 марта 1875 года, гласные Думы внесли предложение о необходимости предпринятия немедленного ходатайства об устройстве в Ейске постоянной пристани и о проведении к нему ветви железной дороги.
В 1875 году на Ейской косе начинают строить долговременные портовые сооружения. Две пристани были построены со стороны Таганрогского залива. Через них, в основном, переваливали зерно. Еще две пристани были построены со стороны лимана, к которым могли приставать суда с небольшой осадкой.
Читаем у Ненашева:
6 марта 1880 года негоцианты, занимающиеся в Ейске покупкой хлеба, подали Городскому голове коллективную просьбу с предложением уплачивать при погрузке хлеба по 30 копеек с четверти при условии создания железнодорожной ветви в город. 14 июня 1880 года поступил отзыв Министра Финансов России об отсутствии препятствий к испрошению в законодательном порядке разрешения на установление сбора в пользу Ейска, но только в размере полукопейки с пуда. 14 октября 1880 года Дума постановила возобновить ходатайство и разрешении взимания 3 копеек попудного сбора, ибо предложенный к разрешению полукопеечный сбор недостаточен для устройства постоянной пристани в Ейске и проведения к ней ветви железной дороги.
29 января 1881 года Начальник Области ходатайствовал перед Главным Управлением Наместника Кавказского о введении в Ейске попудного сбора в размере 3 копеек. Однако, Государственный Совет не согласился на утверждение проектированного сбора до 3 копеек с пуда. Госсовет обратил внимание на то, что так как таковой же сбор в городах Николаев, Севастополь, Бердянск, Мариуполь и Таганрог ограничивается полукопейкой с пуда, то желательно было бы не отступать от указанной нормы и для Ейска.
Собрав необходимые сведения и постановив 26 января 1882 года представить их с новым ходатайством и разрешении взимания попудной платы от 1 до 3 копеек, Ейская Городская Дума, между прочим, заявила, что сбор в размере полукопейки с пуда не приемлем в Ейске, потому что в городах, указанных в заключении Госсовета портовые сооружения и мостовые уже устроены и городам этим остается только улучшать их. Между тем как в Ейске ни того, ни другого пока еще нет и что строительный материал в вышеуказанных городах стоит гораздо дешевле, чем в Ейске. Госсовет разрешил Ейским властям тратить попудный сбор на улучшение существующих портовых сооружений, а также для устройства мостовых, но поднимать величину самого сбора не разрешил.
Александр Дорошенко, директор Ейского районного краеведческого музея